Ülkenin denizden gelecek tehditlere karşı savunulması ile deniz alaka ve menfaatlerinin korunması ve kollanmasıdır. Bu genel çerçevede;
Barış döneminde;
* Ulusal çıkarların gerektirdiği denizlerde sancak ve varlık göstermek,
* Gerektiğinde barışı desteklemek, insani yardım ve arama-kurtarma harekatına katılmak,
* Terörizm, uyuşturucu madde ve diğer kaçakçılık faaliyetlerine karşı yapılan harekatta güvenlik güçleri, müttefik kuvvetler ve gerektiğinde hükümet dışı organizasyonlar ile işbirliğinde bulunmak,
* Münhasır ekonomik bölge içerisinde ulusal çıkarların ve deniz çevresinin korunmasında Sahil Güvenlik Komutanlığı ile işbirliği yapmak,
Kriz döneminde ve savaşta, yukardaki görevlere ilave olarak;
1. Stratejik caydırıcılık sağlamak,
2. Krizlerde uygulanacak askeri tedbirleri almak,
3. Deniz kontrolünü sağlamak,
4. İttifak ve gerektiğinde koalisyon harekatına katılmaktır.
Bu görevi başarabilmek için Türk Deniz Kuvvetleri dört Ana Ast Komutanlık ile organize edilmiştir. Bunlar;
DONANMA KOMUTANLIĞI'NIN GÖREVLERİ
Donanma Komutanlığının görevi, emri altında bulundurduğu Komutanlıkların savaşa hazırlanması maksadıyla; her türlü eğitimlerini planlamak ve icra ettirmek, eğitim sonuçlarını analiz ederek değerlendirmek, yeni taktikler geliştirmek, yeni gelişmeleri takip etmek ve uygulamak, hazırlıkları kontrol ve denetlemektir. Donanma Komutanlığı emrinde altı adet muharip filo/filotilla bulunmaktadır. İmkan ve Kabiliyetleri : Karargahı Gölcük-Kocaeli'nde bulunan Harp Filosu Komutanlığı, Türk deniz gücünün ana unsurudur. Bu filo 19 fırkateyne sahiptir. Harp Filosu Komutanlığı sürat, dayanıklılık ve ateş gücünü temsil eder. Denizaltı Filosu Komutanlığı, Donanmanın stratejik gücüdür. Bu filo sessizlik, gizlilik ve süprizi temsil eder. Hücumbot Filosunun Karargahı Gölcük - Kocaeli'ndedir. Envanterinde 12 hücumbotu mevcuttur. Hücumbot Filosu sürat, süpriz ve darbeyi temsil eder. Mayın Filosu Komutanlığı Erdek'te konuşlu olup, envanterinde 12 mayın tarama gemisi, 7 mayın avlama gemisi mevcuttur. Donanma, etkin ve iyi organize olmuş bir Lojistik Destek Gemileri Filotillasına sahiptir. Bu Filotilla Göcükte konuşlu olup, muharebe destek gemileri ve muhtelif yardımcı sınıf gemilerden oluşmuştur. Lojistik Destek Gemileri Komodorluğu emrindeki 10 adet muhtelif yardımcı gemi ve muharebe destek gemisi ile açık denizlerde Donanma unsurlarımızın her türlü lojistik ihtiyacını temin edebilmektedir. Deniz Hava Üs Komutanlığı, Donanma Komutanlığına bağlı bir komutanlık olup, ana üssü İzmit/Cengiz Topel Deniz Hava Üssüdür. Emrinde 7 eğitim uçağı, 21 helikopter ve 6 Deniz Karakol Uçağı görev yapmaktadır.
KUZEY DENİZ SAHA KOMUTANLIĞI'NIN GÖREVLERİ
Karargahı İstanbul'da bulunan Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Karadeniz sahilleri, Boğazlar ve Marmara Denizi'nden sorumludur. Kuzey Deniz Saha Komutanlığının görevi, muharip gemilere lojistik ve sahil desteği sağlamaktır. İmkan ve Kabiliyetleri : Türk Deniz Kuvvetleri'nin en dinamik ve etkin birliklerinden SAS (Sualtı Savunma) ve SAT (Sualtı Taarruz) Timleri Kuzey Deniz Saha Komutanlığı bağlısıdırlar. İstanbul ve Çanakkale Boğaz Komutanlıkları emrindeki Avcıbotlarla Marmara Denizi'nin giriş-çıkışlarını kontrol etmektedirler. Denizlerde can ve mal emniyetinin sağlanması için gerekli her türlü seyir bilgilerini denizcilere duyuran, denizlerimizin tabiatına ait ölçümler yapan Seyir Hidrografi ve Oşinografi Daire Başkanlığı Kuzey Deniz Saha Komutanlığı'nın kuruluşundadır. Başkanlık emrinde 2 Araştırma Gemisi mevcuttur. Kuruluşunda ayrıca 1500 m² lik bir alana sahip ana sergi binasında 4 büyük salon ve 17 oda sergileme kapasitesiyle Deniz Müzesi Komutanlığı mevcuttur.
GÜNEY DENİZ SAHA KOMUTANLIĞI'NIN GÖREVLERİ
Karargahı İzmir'de bulunan Güney Deniz Saha Komutanlığı Akdeniz ve Ege Sahillerinden sorumludur Güney Deniz Saha Komutanlığının görevi, muharip gemilere lojistik ve sahil desteği sağlamaktır. İmkan ve Kabiliyetleri : Güney Deniz Saha Komutanlığı emrindeki Çıkarma Filosu Komutanlığı 5 Tank Çıkarma Gemisi, 24 Tank Çıkarma Aracı, 17 Mekanize Çıkarma Aracı ile Akdeniz'in önde gelen amfibi gücüdür. Çıkarma Filosu Komutanlığı bağlısı Amfibi Deniz Piyade Tugayı Türk Deniz Kuvvetleri'nin insani yardım ve barışı koruma/destek harekatında kullanabileceği en önemli unsurlardan birisidir. Refakat ve Karakol Filosu 6 Korvet, 8 Hücumbot, 3 Avcıbot ile Ege ve Doğu Akdeniz'de ülkemizin hak ve menfaatlerinin korunması, gözetleme, keşif/karakol, arama kurtarma, yasa dışı insan kaçakçılığı ve organize suçlara karşı mücadele görevlerini icra etmektedir. Aksaz Deniz Üs Komutanlığı, Deniz Kuvvetlerimizin yüzer unsurlarının etkinliğini Güney Ege'de de sağlayacak harekat üssü ihtiyacına cevap vermekte ve milli prensipler çerçevesinde Nato Deniz Kuvvetlerini desteklemektedir.
DENİZ EĞİTİM VE ÖĞRETİM KOMUTANLIĞI'NIN GÖREVLERİ
Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı'nın görevi, Deniz Kuvvetlerimizin çeşitli eğitim kurumlarında uygulanmakta olan eğitim programlarını kontrol etmek, bu eğitim kurumlarında daha kalifiye personel yetiştirmek ve bunlar arasındaki koordinasyonu sağlamaktır. İmkan ve Kabiliyetleri : Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı, Türk Deniz Kuvvetleri personelinin temel eğitim ve öğretimini aşağıda belirtilen okul ve eğitim merkezleri vasıtasıyla karşılamaktadır. Deniz Harp Okulu Komutanlığı, ileri safhalardaki görevleri yapmaya temel olacak yönelişi kazanmış, karşılaşacağı yurt ve dünya sorunlarını Atatürk İlkeleri doğrultusunda kavrama ve izleme yeteneğine sahip, muvazzaf deniz subayları yetiştirmektedir. Deniz Lisesi Komutanlığı, öğrencileri bilimsel ve liderlik yönünden Deniz Harp Okulu'na hazırlamaktadır. Eğitim Filotillası Komodorluğu emrindeki 2 Okul Gemisi ve 8 Eğitim Botu ile öğrencilerin tatbiki ve temel deniz eğitimleri icra edilmektedir. Karamürselbey Eğitim Merkezi Komutanlığı'na bağlı Astsubay Meslek Yüksek Okulları Altınova/YALOVA ve Derince/KOCAELİ'dedir. Deniz Kuvvetleri'nin gelenek ve göreneklerini ve bilgiyi esas alan Atatürk ilke ve inkılaplarına bağlı Deniz Astsubayı yetiştirmektedir.