Değirmendere'nin doğusunda kurulmuş olan Kolophon,deniz kenarında kurulmayan tek İon yerleşimidir.
Kolophon 12 İyon şehrinden biridir. Güçlü bir donanmaya ve süvari birliğine sahip olmasına rağmen, bir çok savaştan zarar görmüş ve deniz korsanları zamanında bile Lidya, Pers ve Makedonya kuvvetleri tarafından yönetilmiştir.
Kolophon MÖ 302'de Lysimakhos tarafından yıkılınca, onun komşu şehri olan Notion önem kazanmıştır. Homer vatandaşlığını talep eden şehir Klaros Tapınağı'yla ve nasihat merkezi olmasıyla da ünlüdür.
Adını Kolophon Dağı'ndan alan kent büyük İon göçleri sırasında geniş ölçüde Girit-Miken etkisinde kalır.1886 yılında bulunan kent kalıntıları alanında,ilk kazı çalışması 1922 yılında yapılmıştır.
Aşağı şehir,güney tarafta buluna Akropol kenarında uzanmakta ve MÖ.4 yy. da yapılmış olan duvarlarla korunmaktadır.İlk kent Akropol'ün bulunduğu 800 metre yüksekliğindeki tepenin güney batısında yer alır.
Akropol'ün kuzey yamacında ovadan 195 metre yükseklikte bazı eski binaların izleri görünür. Bunlardan en iyi şekilde günümüze ulaşanı MÖ.IV.yüzyıla tarihlenen Stoa'dır. Stoa'nın yanında bir kaç ev bloku ortaa çıkarılmıştır.
Daha batıda ise hamamların yer aldığı kalıntılar görülmektedir.