1166 ve onu takip eden yıllarda Niğde Yöresi Türklerin eline geçmiştir. Özellikle Anadolu Selçuklular'dan I. Alaeddin Keykubat zamanında parlak bir dönem daha yaşanmıştır. Dönemin valisi Zeyneddin Beşare'nin yaptırdığı Alaedin Camii (1223) ve daha sonra yaptırılan Hüdavent Hatun Turbesi (1312) dönemin günümüze bıraktığı miraslardandır. Anadolu Selçukluları Kösedağ Savaşında (1243) Moğollara yenilence bölge Moğolların uç beyliği olan İlhanlıların idaresine geçmiştir. 1357 yılında ise Karamanoğulları bölgenin yeni sahibi olmuşlar ve Akmedrese'yi yapmışlardır(1409). 1471 yılında ise Fatih Sultan Mehmet Karamanoğullarını yenilgiye uğratarak Niğde'yi ve diğer bölgeleri almıştır. Osmanlı döneminde Niğde eski önemini büyük ölçüde yitirmiştir. Cumhuriyetin kurulmasıyla 1923 yılında il statüsüne kavuşmuştur.